vax, русская раскладка работает, но автоматически нечего не переключается. В кубейзе при автопереключении раскладки, пунто может стирать треки. Потому что при конвертации неправильно введённого текста, он сначала стирает (имитирует нажатие клавиши Delete — в Кубейзе эта команда стирает выделенные события или выделенный трек), а потом вставляет правильные буквы в правильной раскладке.
Если с этим всё ещё есть неудобства, попробуй в пунто, во вкладке «Устранение проблем» поставить галку «Не взаимодействовать с программами-исключениями».