проблема может быть в том как рипер раздает имена срендеренным файлам при многократном рендеринге одного скопированного миди айтема на разных дорожках. А может быть путанице риперу добаляет то, что в процессе переключаешь айтем снова на миди добавляешь или убираешь ноты, повторно включаешь FX и рендеришь снова. Изначально миди была записано на piano. По логике 001 копия должна быть piano, номер копии айтема где должно играть piano 001. Но при воспроизведении файлов проекта слышно что это другой инструмент, на который и подменяет рипер.