Напишу итог))
Вопрос, почему плагины на разных каналах работают несинхронно не находит ответа. Возможно, что-то можно править в файле xml. Я уже и на комп свой грешу (давно не свежий).
Но! Я выявил, что рассинхрон исчезает, если на каждый канал плагин вешать отдельно, а не дублировать его вместе с треком. Это в Nuendo 10 (под Win7). Но обычно же все дублируют, если хотят некоторые настройки не менять. Оказывается, есть разница.
Если такое неконтролируемое явление не только у меня, то на дабл-треки вешать эти плагины стрёмно, хотя эти фазовые сдвиги не услышать невозможно. Разве что рендерить на месте и потом пододвигать под микроскопом.))
К Ruby и Emerald в этом плане не было претензий, к El Rey и Coral были, и версии ZL - точно так же себя ведут. Возможно, там ядра старее.
Рассинхрон также исчезает если просто перезагрузить проект и DAW. Может это только со Steinberg такие дела? Проверьте, если не сложно.