А я так делаю постоянно. Поскольку все проекты храню в бандл формате(*.cwb), физически уничтожаю все файлы из папки c:\Cakewalk Projects\Audio Data\ и c:\Cakewalk Projects\Picture Cache. Никаких проблем после открытия бандл проекта не бывает. А вот если долго не чистить папки, случаются сбои, да и разрастается папка Audio Data до огромных гигов.
Часто сталкиваюсь на форумах с вопросами вытекающими из незнания того как Cakewalk работает с файлами. Самый распространённый - почему Фрути лупс (Куб, S1, и т.д.) работает с проектом быстро, а Cakewalk, с таким же подтормаживает, трещит, короче - фигня, а не секвенсор. Потом выясняется, что проект, с которым работает вопрошающий, находится на внешнем, медленном, подключённом по USB жестком диске( или вообще на флешке))), и если проект *.cwp, то все его аудио файлы, лежащие рядом в папочке Audio, будут использоваться - переписываться, дописываться, считываться, именно с этого диска. Результат понятен. В случае использования *.cwb - проект, вернее все его аудио данные, распаковывается в папку c:\Cakewalk Projects\Audio Data\ и оттуда используются в реальном времени. А диск С:, как правило, самый быстрый, а ныне уже, скорее всего, и SSD. Значит проект будет летать, как ему и положено. С проектами не содержащими аудио данных может быть все в порядке даже если он лежит на медленном внешнем носителе, возможно поэтому бывают вопросы о том, почему работало всё нормально и вдруг - тормоза, вылеты. А всего-то приморозил несколько синтов, или прописал вокал, или, как многие делают, для окончательного сведения и мастеринга перевёл все инструменты в аудио.
Ничего не пропадает, при открытии любого проекта, папка создается на том же месте, и все прорисовывается заново 
Нипарядок 
www.bandlab.com
