создать на флешке пустой autorun.inf и сделать его read only"
Как вариант, можно создать не файл, а папку read only с таким именем
Однако современные зловреды такие ухищрения раскусывают на раз. USB-Protect меняет код в autorun.inf таким образом, что стереть его никак невозможно (только форматировать)