Насколько я знаю подавляющее большинство настроек из Preferences сохраняется в XML файлах в папке настроек Кубейза, т.е. они общие для всех проектов. С самим же проектом загружается всё остальное, чего нет в окне Preferences: цветовая палитра для клипов и треков, настройки темпа, зума, положение окон, пресеты микшера итп. Т.е. то, что можно сохранить в темплейте. Есть кофликтные настройки, такие как, например квантайз. Имея явно инопланетное происхождение, он мигрирует между проектами. Т.е. если в проекте А назначить свинг на 30%, затем закрыть проект и открыть какой-то старый проект Б, в котором свинг был 0%, то чудесным образом значение свинга в нём будет не 0%, а 30%. То же самое касается настроек инспектора Key Editor'a. Это глупо, но земляне из Стейнберг в этом не виноваты. Лично я считаю, что это диверсия.