@Dimariq, при создании нового проекта, у вас вот этот пункт отмечен и для каждого проекта создается указывается своя папка или отмечен пункт выше и используется по умолчанию путь? Если по умолчанию, то будет полный бардак с проектами и файлы ото всех проектов в одной куче хранятся.
Посмотреть вложение 218171
Если будете создавать как на скриншоте, для каждого проекта свою папку указывать и сохранять в ней же сам файл проекта, то никаких проблем быть не должно. Тогда можно копировать папку целиком, перемещать эту папку и тп, и куб все равно найдет свои файлы, так как они именно в этой папке проекта.