Cosmo, сигнал будет писаться всё равно "чистым", если правильно Вас понял - во время записи требуется прослушивание звука, обработанного плагинами, "выставленными на канале". Для этого в Samplitude нужно выбрать соответствующий режим мониторинга (System Options -> Audio Setup (hotkey "Y"), 4-5-6-ой режимы позволяют это делать). Естественно, необходим ASIO-драйвер.