Причина была в следующем. На этом треке, в качестве доплнительного выхода был указан другой софтовый канал звуковой карты(у меня RME FF800) - когда-то добавил(зачем-то) и забыл. Так что наверно так и должно быть. Там по умолчанию все выводится на 1 канал, соответственно мастер убирает звук только на первом.
Так что пардон за наезд.
Тоже рад, что всё выяснилось. Да, в Рипере так и должно быть. Прямой вывод звук с канала на аудиовыход карты идёт в обход мастер-трека.