Отключена эта опция.Я её не держу активной по умолчанию.Все - вроде понял в чем дело и дело вовсе не в скрипте, как мне кажется.
У тебя наверное включен экшен "Options: Correct overlapping notes while editing", это он и режет твои ноты. Отключи его и все ноты останутся на месте.