Не факт, что ровная кривая должна получиться. Может быть, плагин в реальном времени меняет параметры эквализации?
Когда вы получаете тот спектр, под который все надо подгонять, вы усредняете спектр по всему файлу. А когда применяете плагин - вы в каждый момент пытаетесь текущий спектр подогнать под какой-то. Т.е. для того же самого трека, на котором его обучали, плагин будет действовать как многополосный компрессор, пытаясь подогнать текущий спектр под усредненный спектр.
(это просто предположение, я не видел этих плагинов)