Не существует единственно правильного строя. Мнение, что натуральный (чистый) строй единственно правильный - заблуждение.
На самом деле всё обстоит сложнее. Музыкальный строй в европейской музыке - это динамический (т.е. во время музицирования) процесс нахождения компромиссов между тремя строями: натуральным, Пифагоровым и равномерно темперированным.
Предпосылки:
1. Монодия (одноголосная мелодия) хорошо и естественно звучит в звукоряде, основанном на квинтовой корреляции тонов - то есть, в Пифагоровом строе. Хорошо звучит в Пифагоровом строе и полифония (несколько независимых мелодий одновременно).
2. Выдержанные большие терции/сексты и мажорные аккорды звучат неблагозвучно в Пифагоровом строе. Для акустического благозвучия гармонических интервалов требуется другой подход - натуральный (чистый) строй.
Возникает дилемма. Мелодическое движение (горизонтальная корреляция тонов) хорошо звучит в Пифагоровом, но хуже в натуральном строе. А гармония (вертикальная корреляция тонов) благозвучна в натуральном, но грязна в Пифагоровом.
3. Кроме художественной дилеммы: мелодия (Пифагоров) vs гармония (натуральный) есть и техническая проблема общая для этих двух строев. А именно - невозможность создать инструмент с фиксированным Пифагоровым или натуральным строем (с вменяемым числом клавиш/ладов) на котором можно было бы транспонировать/модулировать во все тональности.
Вот здесь появляется равномерно темперированный строй, который удовлетворительно решает все три проблемы - относительно чисто звучат и аккорды, и мелодия, и есть возможность модулировать в любую тональность.
Недостатки и достоинства каждого из этих трех строев выпячиваются или сглаживаются в результате разных факторов. На это влияют: тембр (инструментовка), регистр, манера исполнения/звукоизвлечение, "качество" самой музыкальной ткани - полифония, гомофония, плотность фактуры, степень консонантности и диссонантности, стиль гармонии, характер произведения и тд. и т.п. Влияют и субъективные факторы восприятия.
С учетом этого и выстраивается баланс между различными строями там, где инструменты (и уровень исполнителей) позволяют это делать - в первую очередь это струнные, хор, отчасти духовые. То есть, строй - это динамический (т.е. во время музицирования) процесс нахождения компромиссов между тремя строями: натуральным, Пифагоровым и равномерно темперированным с целью выполнения художественных задач.
Для мейнстримовой популярной музыки это не так актуально, ибо там все инструменты (гитары, синты) темперированы, а темперация в общем решает на 99% проблемы строя для такой музыки. И занятия микротюнингом в большинстве случаев не стоят потраченного на это времени. Особенно, если делать это механически, не понимая суть процессов, ожидая, что просто выбирав в настройках синта опцию 'just intonation' получишь волшебный результат.
Но стоит учитывать, например, при тюнинге голоса, что мелодия естественней звучит в Пифагоровом строе, а не в натуральном (чистом). А аккорды в натуральном. И в любом случае это стоит делать на слух.
