У курцев в режиме program настройки контролов берутся обычно из определенного сетапа (в PC4 это называется Multi), в PC3 этот сетап выбирается в настройках режиме midi (параметр ControlSetup, по-умолчанию это сетап 126 Internal Voices). Выбирается ли он явно где-то в PC4, я не знаю, но насколько понял, для режима program там используется multi 2046 PC4 Control. Соответственно, в настройках этого сетапа / multi настройки афтертача и должны выставляться.
Для режима setup / multi это придется в каждом сетапе или multi индивидуально править.