Я встречался с несколькими подобными моментами при работе с AudioWarp...
Момент первый: если активирована опция, что звуковые файлы, которые были закинуты в проект, принимают Musical Mode, то этот Musical Mod глючит и происходят описываемые искажения звука и сдвиги волны.
Момент второй: изображаемая в Sample Editor волна при применении варпа не соответствует реальному положению дел, и уже в зависимости от задействованного алгоритма варпинга степень несоответствия может варьироваться.
Выход (который действует у меня)..: первым делом деактивировать Musical Mode и затем снова его активировать, после этого звуковая волна сдвинется и варпинг перестанет просто таки жестоко искажать звук. Затем, не доверять отображению волны, то есть слушать что редактируешь. Ну и уже после соблюдения предыдущих пунктов применять Flatten.
Это от'flatten'ное аудио будет звучать так же, как и было до этого в семпл эдиторе.
Впрочем, я не утверждаю, что это панацея, и может быть здесь какая-то еще более изощренная проблема.