Написали много, а конкретики никакой, сплошная "вода".
Господа, для начала давайте хотябы с терминами определимся, которые изначально неверно были заданы. Спектр - он один. Нет никаких спектров и они уж тем более не могут друг на друга накладываться. А, вот, частотные диапазоны, которые, кстати говоря, этот спектр и составляют, являясь лишь его частью - уже разные для каждого инструмента. И, вот, именно их конфликтов мы и должны избегать в рамках слышимого нами спектра. Это первое.
Второе: ваши, простите за вульгарность, смачно обсасываемые три конфликта. С первыми двумя мы вроде разобрались, уяснив, что это всё-таки частотные конфликты (спектральных, повторюсь, быть не может, так как он у нас один). Третий - тональный. Скажите мне на милость: какой-либо, конкретно взятый тон у нас характеризуется чем? -Частотой! Частотой на которой он звучит. А посему приходим к выводу, что никаких тональных конфликтов у нас тоже нет.
Теперь, когда вопрос всё-таки можно сформулировать нормально: Как защитить микс от частотных конфликтов? уже можно на него ответить. Защищаем мы его старым, дедовским способом - выделение одних частот (более значимых для конкретного инструмента) и приглушение других (менее значимых для него). А так же: расстановкой инструментов в пространстве и уровнями громкости.