Причина скорее не в том,о чём вы говорите.
А в общей нестройности 12-ступенной системы.
Каждый гитарист испытал этот дискомфорт строя,когда идеально настроив ПО СЛУХУ один аккорд(как правило приблизившись к Пифагорову строю),при НЕ ПЛАВНОМ переходе на другой аккорд этой стройности не слышит(в идеале этот аккорд нужно перестраивать по тому же принципу,что и первый аккорд).
Какой же выход?
1.При "идеальной гитаре и струнах" строить её по тюнеру на открытых струнах,без корректировки в "прижатых" позициях(даже если вы слышите небольшую лажу в строе).Пианист тоже слышит,но,скрипя зубами,мирится.
2.Если вы всё же настроили гитару ПО СЛУХУ,то при переходе на второй аккорд,постарайтесь соблюдать правила голосоведения,т.е. в нём должно остаться максимальное количество тонов от первого аккорда(гармонизация песни в пределах 4 ладов максимум)
4.Другой вариант,если вы настроили гитару ПО СЛУХУ и не знаете правил голосоведения(делаете резкие аккордовые скачки):излагайте ритмический рисунок максимум трёхголосием,желательно в "широком" расположении,если владеете этой техникой.Помните,что вы играете в оркестре,где ваш полный аккорд только мешает.
5.При обеих видах настройки,пропускайте в своих созвучиях малую терцию.Старайтесь нужный аккорд набрать из одной(их всего две:6+6=12)целотоновой гаммы.
А вобщем то смиритесь.
Гитара не скрипка и микротюнирование ей не подвластны.
Да и весь мир,со дня основания 12-тоновой,искусственной системы,уже давно привык к несторойной музыке.
Может в скором времени и появятся интеллектуальные гитарные"примочки",мгновенно тюнирующие в Пифагоров строй ваши электрогитары и проблема хоть как-то решится.
Вот такие наблюдения музыканта-клавишника,страдающего от нестроя.
С уважением.