Скорее всего какой то кэш, при забитии которого обнулится все, разве может быть иначе? Есть выделенный 1Гб, есть системное место с запасом у ОС, куда падает кэш определенного обьема, стоит его превысить он затрется, вообще это баг скорее потому что удаление не работает должным образом и не освобождает место, я бы связался с разработчиками с просьбой у саппорта разъяснить происходящее
В такой работе легко потерять текущий проект который вроде как продолжает работать и в него вносятся изменения когда данные удалены. Плюсов тут нет, просто доступный буфер