Собственно то, что вы описываете может свидетельствовать о том, что у вас на харде большая фрагментация или о том, что хард скоро посыпется (возможно в каких-то секторах уже большое время доступа к файлам). Рекомендую сделать бэкапы, если давно не делали или не делали вообще (ведь люди делятся...