Может оно появляется где-то в скрытом месте (у меня например есть вывод на телевизор и некоторые окна туда сбегают периодически) или, что вероятнее, под другими окнами в самом Кубе? Always on top стоит?
Если ничто не помогает - переустановить Куб всегда вариант.