Да, вариантов договоров много.
Самый оптимальный, на мой взгляд, трудовой договор или же гражданско-правовой договор. В последнем случае у тебя не будет необходимости присутствовать на работе постоянно в течение рабочего времени и рабочее место как таковое должно быть не установленно. Иначе договор переквалифицируют в трудовой договор. Второй договор- договор аренды твоего оборудования. Он сопровождается двухсторонним актом приема- передачи оборудования в аренду. Ежемесячно составляются так же двухсторонние акты оказания услуг аренды твоего оборудования.
В договоре аренды обязательно следует указать кто ответственнен за сохранность оборудования, его актуальное состояние, обслуживание, ремонт. Не мешает коснуться вопроса права собственности на неотделимые улучшения арендованного имущества внесенные в него арендатором с твоего разрешения. Прописать также вопрос платы за аренду- разовый платеж или же помесячная плата. Условия расторжения договора. А также условия возможности сдачи твоего оборудования в субаренду.
При наличии таких договоров как минумум будет гарантия того, что твое оборудование останется в любом случае в твоей собственности.
Если этого не сделать, оборудование действительно могут "найти" при инвентаризации и поставить на свой баланс. При отсутствии подтверждающих документов на покупку оборудования доказать что либо будет крайне сложно.