Не знаю есть ли такие программы.
Могу предложить "хакерский" способ.
Если пользуетесь Оперой (в других браузерах наверняка есть возможность сделать тоже самое), то кликнув правой кнопкой на странице (мимо флэшки) и выбрав "Source", откроется исходный текст html страницы. Ищем в нем три буквы "swf", а еще лучше ".swf". Это как раз файл содержащий флэшку.
Когда нашли, копируем название (вместе с путем, если он есть) и открываем флэшку напрямую, без html. Для этого в браузер в строку адреса, вместо имени файла с расширением html, вставляем имя файла с расширением swf. Если с путем не напутали, то флэшка откроется на весь экран.
Дальше просто сохраняем ее при помощи меню File->Save as...