А кто мешает оценить предварительно какого размера какие данные с учётом размера файлов и создать несколько логических дисков с разным размером кластера при форматировании и поместить большие файлы на соответствующий логический диск.
Так же, данные, которые требует повышенной скорости доступа поместить на самый быстрый диск (логический диск самого быстрого физического диска) а медленный держать для бэкапа и тех данных которые редко используются (файлопомойка).
Да и опираться на скорость дефрагментирования я бы не стал - проще скачать какой нибудь тест производительности дисков, померять, а потом принимать решение. Ну и по большому счёту выбор оптимального размера кластера в лучшем случае улучшит производительность на пару процентов, так что не сильно уповайте на это.
PS В утилите "convert" нет параметров на размер кластера, так что будет использоваться какой то по умолчанию в зависимости от размера логического диска.
Я бы забэкапил данные и переформатировал в NTFS в ручную, указав нужный размер кластера.
Так же NTFS - журналируемая файловая система, у которой вероятность "поломки" гораздо меньше чем у FAT32, поэтому операционку лучше держать на ней, а данные, если нужно, на FAT32 - теоретически она быстрее, но опять таки ненамного. Я бы всё равно держал всё на NTFS, которую тоже можно немного подтюнить, например, запретить обновлять дату последнего доступа при чтении файта - это настройка безопасности по умолчанию, но её смысл только в корпоративной сети.
Open REGEDIT (Start, Run, regedit)
Navigate to : HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Control\FileSystem.
Create a new DWORD value called 'NtfsDisableLastAccessUpdate' and set the value to '1'
Ну и так далее...
Из серии поставил - настроил - и само работает, раз в несколько месяцев лишь захожу посмотреть... что всё в порядке 
k:
