@nikolas_n, есть её графическая оболочка - MKVExtractGUI, заводящаяся из под MKVToolNix . Хотел как проще. Но учитывая что не поддерживается с 2018 года, не уверен что будет корректно работать. Я наверное тогда и пользовался ею последний раз.
На сегодняшний день, для целей демуксинга я использую исключительно
eac3to (операции как с вводом через командную строку, так и посредством графической оболочки, если нет желания возиться с командной строкой).
Она много чего умеет на самом деле и на её борту много полезного инструментария. Освоите её и думаю множество потребностей закроете.
Windows only!