При отключенной галочке ресэмплирования, у аудиоклипа просто отбрасываются отсчеты, а скорость воспроизведения не меняется. Если поставить галочку, то у сэмплов с частотой дискретизации, отличающейся от частоты дискретизации DAW, просто не будет лишнего алиасинга из-за отбрасывания отсчетов, он будет пересэмплирован в частоту дискретизации DAW, в соответствии с выбранным качеством интерполяции в настройках аудио (один из раздела настроек FL) и помещен в оперативную память. При рендеринге проекта, все сэмплы будут ресэмплированы так, как выберет пользователь в настройках экспорта.
На данном этапе я не могу представить никаких настроек FL и причин из-за которых сэмплы могут иметь задержку просто из-за того, что у них частота дискретизации 44.1 кгц.
Это похоже на какую-то неправильную и неочевидную особенность работы того ПО или оборудования, которое используется при записи, потому что если звук записан в 48 кгц и с ним все хорошо, то если потом звук так же записать в 44.1, то никакая искусственная лишняя задержка к этому звуку добавляться не должна. Длина аудио-буфера при 44.1 и 48 кгц отличается на очень малые значения порядка миллисекунды при 512 отсчетах, что вряд ли может как-то повлиять на вокалиста, который сначала записывает звук в 48 кгц, а потом в 44.1.