Обнаружил следующую "фишку": при работе с миди-дорожками появилась необходимость заглушить ноты всего item'a, командой mute events через контекстное меню. И так пару-тройку дорожек. После перезапуска проекта обнаружил, что ноты, бывшие до этого прозрачными, "заглушенными", исчезли вовсе...