Опытным путём выяснил, что переключение аудиодорожек или субтитров работает если не останавливать (и не ставить на паузу) видео в Reaper, после переключения аудиодорожки она начинается с начала а видеопродолжает идти, достаточно пустить видео сначала. Потом его можно стопить, хоть че. Видимо...