У мну, на Win 7 Ru, нет такой проблемы, ни в Х1, ни в 8.5.3
После сохранения, в лирикс открывается ровно то, что сохранялось - кириллический текст.
Пробовал не только с Fixedsys.
Arial - тоже без проблем.
Шрифты для лирикс, Сонар берёт из системной папки Fonts, так что вряд ли нужно что-то ещё...