Можно попробовать так:
с такта , когда происходит смена инструмента выделить текст ( сделать синий ) , затем Ctrl + T , ввести необходимый интервал транспозиции. Если необходима смена тональности - выделить первый такт смены тон-ти , нажать К и выбрать новую тон-ть. Проверить сейчас не могу...