@kboolean, такая же проблема. Кнопка "поверх всех окон" тоже не очень удобна и по-моему она не может быть включенной по умолчанию у всех окон.
Но!. если у Вас мониторы с одинаковым разрешением, то, видится мне, может быть следующее решение: не выводить микшер отдельным окном, а растянуть всё...