Как я архивирую проект:
1) сначала все файлы из wav конвертирую в wv (WavPack), делаю это фубаром (нравится, быстро, надёжно), новые файлы с таким же названием как исходники, но с другим расширением, размещаются там же, где исходники;
2) затем удаляю все исходники в корзину (можно как вариант...