Установил свежую SwitchResX, перезапустил комп, предварительно вставив hdmi, и попустило. Мерцания пропали. Я подозреваю, возможно развертка монитора работала в интерлейсе, а програмулька запустила в прогрессиве. Или шнурок вставил как то иначе :) Теперь работает как нужно.