Я периодически сталкиваюсь с подобным. Миди-клава в моем случае никакого отношения к проблеме не имеет. Даже в полностью вручную нарисованной партии некоторые ноты могут не звучать. Причем обнаружить какую-либо закономерность не удалось: нота может звучать при старте воспроизведения за 3 такта...