Во вкладке File жмёте Save Server Project, выбираете место и сохраняете. Сохряняется проект VEP Pro со всеми инстанциями и инструментами в них. Далее в начале работы можете запускать сначала VEP Pro, затем открывать в ней сохранённый проект (там есть как везде вкладка Recent), а затем запускать...