Конвертация в/из mp3 вносит задержку и может изменить длину файла, т.к. файл разбивается на фреймы. Некоторые кодеры-декодеры эту задержку компенсируют, некоторые - нет. Нужно чтобы кодер-декодер были аккуратными: Reaper, Lame, RX. Видимо, ваш кодер-декодер к таковым не относится.
Аккуратное...