У Hypersonic'а 16 midi-входов, а audio-выходов 4 (стерео), вот они то и появляются в Samplitude в режиме Multichannel. Midi дорожку надо назначить на Hypersonic, на один из 16 midi-каналов, а в самом Hypersonic, на вкладке Mix в столбце Out выбрать выходной audio-канал (один из четырех).