у меня было похожее в одной студии. я там ставил Нуендо 3.2 (самый последний ломаный релиз). так вот на мастерее в Нуенде все показывало отлично, никаких клипов, а на выходе консоли звуковой карты был ужасный клип. звуковуха М-аудио Дельта 1010.
сенс Нуенду, поставил предыдущую версию 3.1, все...