Всё приходится из Вас вытягивать!!! Если загрузить новый темплэйт, например 24 канальный и ничего в нём пару часиков не делать и вообще к компьютеру не подходить будет соло или мьют скакать?
Докапаться до истины можно только вместе с Вами, а Вы пока не сильно помогаете! А телепатов тут нет!
Если все миди девайсы, как Вы говорите, отключены, а шорткаты не правлены, то может быть активизированы виртуальные миди устройства, например IAC Driver и он подцеплен к какой-нибудь программе, выдающей миди сообщения. Может у Вас активизирована Network сессия и какое-то устройство шлёт сообщения через Ethernet или Wi-Fi.
Попробуйте вообще ВСЁ кроме Logic отключить и посмотреть как он себя поведёт. Я почему-то думаю, что дело не в нём, а картину портит что-то сторонее.
Поставьте какой-нибудь миди монитор, например MidiPipe, и посмотрите активность миди на входе и выходе Logic. Наверняка там и найдёте источник безобразий. Главное не лениться и потратить время на поиски, чтобы потом спокойно работать без бочки с порохом.