Почти уверен что у вас клок арпеджиатора включен в настройках на External. Т.е арпеджиатор ждет клок на миди входе, если секвенсер или миди клава не посылают клок, то арпеджиатор играть не будет. Нужно переключить на внутренний клок суперновы. Ну или в секвенсере включить передавать клок, в т.ч в режиме СТОП..