PS+, в окне выделяем все midi events, содержащие нужные для транспонирования ноты, жмем Enter для входа в Key Editor, при необходимости жмем несколько раз "g", чтоб весь проект уместился по горизонтали, мышью захватываем рамкой (выделяем) все ноты, кроме keyswitch. Далее жмем на клавиатуре стрелки вверх/вниз требуемое кол-во раз.
Разумеется, если какой-то инструмент, к примеру бас, имеет рабочий диапазон там, где у других инструментов keyswitch'и - эту партию придется транспонировать отдельно.