Скоорее всего трабла та же, что и у меня была. У меня стоит поко компакт + поко мкII, причем при работе плаги грузятся сперва в компакт, а по мере того как его процессоры заполняются, последующие загружаемые плагины грузятся уже в мкII.
Пришлось однажды один трэк прогнать через md3. Чистый проект, одна аудиодорожка и мд3 на мастер шине. Через 2-3 минуты работы начинаются глюки описанные тобою выше. Как выяснилось, глюки исходили от того, что мд3 грузился на процессор компакта. Выход нашел таковой - загружал 2 virusа, которые занимали процы компакта, а мд3 вешался уже на мкII и все работало как часы. Хочу обратить внимание, что такое поведение у powercore было только на проектах, которые находились на начальной стадии. Т.е., если начать подгружать плаги уже на более-менее заполненных проектах (7-10 дорожек к примеру), поко этой болезнью не страдал и работал как положено.