Спасибо Almazix!!!
Файл defaults.xml
Лежит в
ДИСК:\Documents and Settings\ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ\Application Data\Steinberg\Cubase 5\
Строка зовётся
"DSVideoWindow".
Ниже два параметра
"H" value="1317"/>
"V" value="470"/>
У меня там по высоте было отрицательное значение. Отсюда и проблема. Изменил на положительное - всё ОК.
Скорее всего, также решаются и проблемы с другими окнами и транспортом
Еще раз спасибо.