
Ясен перец, что в автобэке сохранится лишь то, что было сохранено на момент выполнения автобэкапа.
Однако, прежде, чем уменьшать интервалы автобэкапа, проанализируй, после каких действий валится проект? Кривой плагин, какие-либо действия по монтажу? Попробуй дефрагментировать диск, на котором хранятся файлы проекта, несколько разгрузи диск C:\ на котором по умолчанию расположен файл подкачки винды (ему, этому файлу подкачки, требуется объем, как минимум в 1,5 раза превышающий объем установленной оперативки), проследи за охлаждением прцессора и модулей памяти, очисти от пыли внутренности компа, проверь (протестируй) на сбойность модули оперативки, а также, сами винчестеры на бэд-блоки. При большом количестве нарезок активно используются ресурсы компа, такие, как обмен данными между винчестером и оперативкой. Понаблюдай за потреблением ресурсов. Возможно, не хватает пропускной способности, особенно, если оперативки мало. Попробуй увеличить объём буферов в проге.
Кстати, загрузки процессора более 100% не может быть по определению

Может лишь увеличиться очередь ожидания процессора. Хотя, вобщем то непринципиально, как названо, одним словом, оверлоад.