Если щелчки тихие - тише самого тихого нужного звука - можно применить RemoveSilence. Если же громкие, то скорее всего.., а.., можно так:
1. свести все фрагменты с клип,
2. экспортировать в КулЭдттПро/Одишн - там функция удаления шчелчков намана реализована.