Они будут зависать только в том случае, если смена темпа приходится на звучащую в данный момент ноту. Сэмплер каким-то образом рассчитывает длину звучания ноты до смены темпа и после того как темп поменялся, длину ноты уже не коректирует.
Я стараюсь смену темпа производить в местах, где ноты не играют (на стыке нот к примеру), либо менять темп скачками, вводя изменения через 1\4 к примеру. В некоторых случаях это помогает.