Сохраните проект, чтобы не потерять настройки инструмента, потом замените его на канал midi out с желаемыми настройками, а в диалоговом окне экспорта, переключите pattern на full song. Разделение дорожек микшера касается только аудио, обрабатываемого эффектами в микшере и не связано с midi. В проекте FL, инструменты, дорожки плейлиста и дорожки микшера не связаны между собой, Вы сами решаете, что где лежит и куда направлено.
Типичному midi-файлу соответствует такая конфигурация: один паттерн содержит в себе набор каналов midi out, у каждого из которых один из 16 midi-каналов, патч и порт. Вы можете использовать отдельный паттерн, чтобы помещать туда что-либо для экспорта в midi.
Через piano roll тоже можно импортировать или экспортировать midi.