Два разных генератора с одним и тем же входным midi-портом, будут играть каждый что-то свое, принимая midi со всех каналов midi-out с таким же входным портом. Чтобы один виртуальный синтезатор играл два разных пресета, то такую возможность должны предусмотреть разработчики этого синтезатора.
Если что-то все еще не получается, то имеет смысл попробовать использовать patcher.