1 Нет, VMware генерирует абсолютно иную среду для ОС нежели твой комп, ничего общего.
2 Вставить флешку, в VMware настроить проброс юсб. Зайти в биос виртуальной машины и сменить источник загрузки.
3 Нет, комп не испортишь. ДСДТ подгружается из биоса при каждой загрузке. Если Клевером или Хамом подсовываешь "свой ДСДТ", то он главнее того, что в биосе живёт, но это только до перезагрузки)))