Подтверждение того, как не очень корректно заданный вопрос, без желания понять логически суть предмета провоцирует неправильные ответы, с точностью "до наоборот".
Включите логику! То, что вы предположили, - нонсенс по определению!
Вы один раз обновляете микрокод устройства и этот микрокод аппаратно остается в ПЛИС до того момента, пока вы не перепрошьете устройство вновь.
Программа flash update ОДНОКРАТНО обновляющая устройство ДО ОДНОЙ И ТОЙ ЖЕ ВЕРСИИ микрокода, разумеется скомпилирована под разные операционные системы, отсюда и два отдельных файла - один исполняется под Windows, второй под Mac OS! Одна и та же прошивка, которую можно ОДИН РАЗ до выхода следующей выполнить либо под Windows, либо под Mac OS - в зависимости от того, что вам В ДАННЫЙ МОМЕНТ удобнее!!!
Все это до такой степени очевидно, что вопросов подобного рода возникать вообще не должно.
А вообще говоря - RTFM! В мануалах все это совершенно однозначно описано.