У меня пока следующие проблемы (в основном с автостартом программ или с запуском от имени админа, в результате чего настройки некоторых программ не сохраняются)
1) У PutnoSwitcher так и не смог сделать автозагрузку, даже через планировщик
2) uTorrent запускается с Виндой, но не закрывается
3)...