ddr400, данные поступают на два канала одновременно, правильно? если бы треки записывались поочередно — никаких сложностей не было бы.
так... решить задачу можно следующим образом:
создаешь (Folder) Track, или вообще дорожку "No Output", делаешь ее "активной", и записываешь на нее все миди...